Les nitrates sont essentiels pour la croissance des végétaux, et sont présents dans la composition des engrais naturels comme le fumier. Cependant, à forte concentration, ils sont très nocifs pour l'environnement.
Les nitrates sont présents dans les engrais azotés et le lisier, utilisés pour l'épandage agricole : 66 % des nitrates présents dans l'eau proviennent de l'agriculture, 22 % des collectivités territoriales, et 12 % de l'industrie.
L'apport de nitrates sous forme d'engrais pratiqué en agriculture intensive est en quantité excessive par rapport à ce que peuvent consommer les végétaux, d'où un surplus rejeté dans l'environnement.
Les nitrates sont aujourd'hui la cause majeure de la pollution des eaux en France : ils sont très solubles, facilement drainés par les eaux de pluie, de ruissellement, et d'infiltration. Les nappes phréatiques, les réservoirs d'eau, les cours d'eau, les lacs, les rivières regorgent de nitrates, dont les conséquences sont multiples : risques pour la santé humaine, eutrophisation des écosytèmes aquatiques, voire dystrophisation et destruction de leur équilibre biologique.
Ils sont également présents dans les déjections animales : les sites d'élevage de bétail sont par conséquent majoritaitement pollués aux nitrates.
Les nitrates sont de plus produits par la matière organique présente dans les sols : ils y sont stockés et sont libérés petit à petit.
La pollution aux nitrate s'installe donc pour de nombreuses années : en effet, l'infiltration des eaux dans le sol et la libération des nitrates qui y sont stockés nécessitent beaucoup de temps.
La France a été condamnée en 2008 par la Cour de justice Européenne pour la non application des règles européennes en matière de lutte contre la pollution de l’eau aux nitrates : la Vendée, les Deux-Sèvres, la Charente-Maritime, et la Bretagne sont concernés.
Concernant la Bretagne, la France avait déjà été condamnée en juin 2007 à une amende de plus de 28 millions d’euros, avec une astreinte de près de 118 000 euros par jour.
