Le recensement des espèces végétales menacées est moins précis comparativement aux études sur les espèces animales. Mais les espèces végétales souffrent indéniablement des mêmes maux : destruction des habitats, pollution, réchauffement climatique… qui menacent et détruisent les végétaux.
En France, selon l’Inventaire National du Patrimoine Naturel, il est estimé que 486 espèces, soit 10 % environ des espèces indigènes françaises sont menacées, 107 étant des endémiques strictes.
Cet endémisme est notamment important en Corse et dans les grands massifs des Alpes et Pyrénées. 73 % sont des espèces sub-endémiques (présentes en France et dans un autre pays), et 306 sont présentes dans 3 pays ou plus.
La liste rouge de l'UICN répertorie 5 611 espèces végétales menacées, plus particulièrement des arbres, qui ont bénéficié d’une évaluation plus importante que les autres espèces.
5 611 est un petit chiffre au regard du nombre d’espèces végétales, mais L’IUCN n’a pas encore étudié toutes les menaces inhérentes aux plantes. Les prochaines études vont s'étendre sur les champignons, lichens et un certain nombre d’espèces végétales (bryophytes, monocotylédones, dicotylédones...)
Le seul groupe à avoir bénéficié d'une évaluation à peu près exhaustive est celui des conifères, dont un quart des espèces mondiales sont menacées.
